En sesión ordinaria del Consejo de Presidentes de la LigaPro Ecuador, se resolvió modificar el sistema de campeonato a partir de el próximo campeonato nacional de fútbol.
El torneo tendrá una Primera Fase de 30 fechas en donde se jugará al todos contra todos en partidos de ida y vuelta. El equipo que se ubicare en primer lugar, automáticamente clasificará a la Copa Libertadores como Ecuador 2. Los siguientes 5 equipos obtendrán los cupos restantes a Copa Libertadores y Sudanericana.
La Segunda Fase se compondrá de dos hexagonales.
El primer hexagonal lo disputarán los equipos que se hayan ubicado en los seis primeros puestos en la fase anterior. El premio al ganador de este hexagonal será el título de campeón de la LigaPro en la temporada 2025.
El segundo hexagonal lo disputarán los equipos que se ubicaron del séptimo al duodécimo lugar en la Primera Fase. El premio al ganador de este hexagonal tendrá un cupo a Copa Sudamericana.
Finalmente se disputará un cuadrangular final entre los equipos que se ubicaron en los últimos cuatro lugares de la Prinera Fase del torneo. Los dos primeros salvarán la categoría, los dos últimos en cambio la perderán.
Otra modificación importante es que el campeonato se iniciará en febrero y culminará wn diciembre sin ninguna interrupción.